Η Οργανική ουσία (προϊόν αποσύνθεσης ζωικών και φυτικών υπολειμμάτων στο έδαφος και προϊόντα ανασύνθεσης νέων οργανικών ενώσεων) περιλαμβάνει και τους μικροοργανισμούς του εδάφους που αποσυνθέτουν τα φυτικά και ζωικά υπολείμματα σε νέες ενώσεις (όπως ο χούμος).
- Βακτήρια (το πολυπληθέστερο είδος εδαφικών οργανισμών, ανεξαρτήτου ph, ευνοείτε η ανάπτυξή τους σε αλκαλικά εδάφη)